구강을 통하여 내시경을 사입하고 식도,위,십이지장의 내부를 관찰하여 역류성 식도염, 식도암, 위염, 위궤양, 위암, 십이자장 궤양 등 위, 식도, 십이지장의 질환을 가장 정확히 진단할 수 있는 검사입니다.
이상소견이 있는 경우 푸른색의 색소를 뿌리기도 하며, 현미경으로 관찰할 조직검사도 하며, 용종이 있으면 내시경을 통하여 절제할 수 있고 경우에 따라서는 출혈을 멈추게 하는 치료도 할 수 있습니다.
특히 최근에는 내시경 기계의 발달로 수 mm 크기의 미소 위암 및 식도암도 조기에 발견하여 내시경을 이용해 수술을 할 수도 있습니다.

최근 서구화된 식이 습관으로 인해 우리나라도 대장암을 비롯한 대장 질환이 점차 증가 하고 있는 추세입니다. 이런 대장 질환을 진단하기 위해 대장내시경을 통하여 항문, 직장, 대장 및 소장의 끝부분까지 관찰하는 방법이 대장내시경 검사입니다.
최근에는 대장 내시경 기계의 발달로 조기 대장암도 진단이 가능하며 내시경 수술법의 발달로 폴립(용종) 및 일부 조기대장암은 개복 수술을 않고 내시경으로 절제를 합니다. 그러므로, 대장암의 조기 진단 및 치료에는 꼭 필요한 검사입니다.

식도, 위, 대장에 발생하는 용종은 점막의 표면에서 솟아오른 혹을 일컫는데 용종 중 상당수가 종양성으로 부분적으로 암세포가 숨어있거나 방치하면 암으로 진행될 가능성이 있습니다. 그러므로, 용종은 전체를 제거하는 것이 좋습니다.
이를 제거하기 위해서는 먼저 간단한 혈액 검사로 피의 응고능력을 확인해야 하며, 치료과정 자체는 간단한 편 으로 치료를 위해 입원 할 필요가 없고 전신 마취나 국소 마취가 필요치 않으며 치료 후 대개 바로 귀가가 가능합니다.
용종의 수가 매우 많은 환자의 경우, 한번 시술에 모든 용종을 다 제거하지 못하고 여러 차례에 나누어 제거하기도 합니다. 이 치료는 드물지만 간혹 출혈이나 천공의 합병증이 있습니다.